宮古島地方は、高温多湿な亜熱帯海洋性気候に属し冬季も比較的暖かく、夏季は海から吹く風が炎暑を和らげてくれます。四季をとおして暖かい気候であり、年平均気温の平年値は23.3度、年平均湿度の平年値は79パーセントです。
1～2月がもっとも寒く、同月の最低気温の平年値は15～16度で、宮古島での最低気温（6.9度、1967年1月16日）もこの時期に観測されています。5月上旬ごろから6月下旬までは梅雨で、この期間に年降水量（平年値2019.3mm）のおよそ20パーセントが降ります。梅雨が明けると本格的な夏になり、9月頃までは真夏日（日最高気温が30度以上の日）と熱帯夜（夜間の最低気温が25度以上の日）が連日続きます。
夏秋季は、台風シーズンで特に9月頃の強い台風が襲来する傾向があります。台風は、強風や塩害により農作物などに大きな被害をもたらし、航空機や船舶などの交通機関にも大きな影響を与えます。しかし、一方で台風は干ばつをなくす恵みの雨をもたらすという側面も持っています。
10月頃になると朝夕しのぎやすくなり、寒露（24節気のひとつ）の頃には宮古島の秋の風物詩であるサシバの群れが東南アジアで冬を越すための中継地として本土から飛来します。